

En 1896 se descubre evidencia que implica a Ferdinand Walsin Esterhazy como el autor del espionaje. A pesar de un intento militar por suprimir la evidencia, Esterhazy es juzgado en 1898, aunque el tribunal militar lo absuelve en un juicio que dura apenas unos minutos. Émile Zola escribe entonces una carta abierta, J'accuse, acusando a los jueces de complicidad. Zola es sentenciado a la cárcel por injurias, pero logra escapar a Inglaterra. Ese mismo año se hace público que gran parte de la evidencia en contra de Dreyfus fue falsificada por el Coronel Henry. Luego del suicidio de éste último, y la fuga de Esterhazy a Inglaterra, la condena a Dreyfus se hace insostenible. El caso se reabre en 1899, pero la soberbia de la corte militar le impide aceptar la realidad, y vuelve a encontrar a Dreyfus culpable, sentenciándolo esta vez a diez años de prisión. Sin embargo la situación política francesa ha cambiado, y el Presidente Émile Loubet se ve obligado a otorgarle el perdón.
En 1902 la muerte encuentra finalmente a Emile Zola en su patria, en sus exequias resuena el reconocimiento de Francia. En su entierro, en representación de sus amigos, Anatole France, quien recibirá el Premio Nobel de Literatura en 1921, pronuncia un emotivo discurso. La indoblegable lucha tras la verdad y la justicia de Zola en defensa de Alfred Dreyfus le han valido los mayores ultrajes 'que hayan producido jamás la estupidez, la ignorancia y la maldad' por lo cual será recordado por muchos como un monumento de la conciencia humana.
Como escritor la grandeza de su obra solo será comparada con la de Tolstoi, abarcando tanto la novela como la critica, el teatro y la política, legando entre sus principales obras Germinal, Tres Ciudades, La Bestia humana y los Cuatro Evangelios.
Emile Zola sin embargo no ha podido ver consumada la justicia en el caso. En 1906 la Corte de Apelaciones exhonera a Dreyfus, reintegrándolo al ejército con restitución del grado y honores militares.
y en 1930 su inocencia queda definitivamente afirmada con la publicación de los documentos de Schwartzkoppen.